طوري  همه می دانيم با سلطه طالبان بر اكثر شهر هاي بزرگ كشور، اوضاع پوهنتون ها وموسسات تحصيلات عالي كه تازه بعد از جنگ ها جان گرفته بود، دوباره مختل شد. تعدادي زيادي ازمحصلان واستادان وكارمندان پوهنتون ها  مجبور به فرارشدند. هم چنان عده يي از فارغان ليسه هاي تحت تسلط دولت اسلامي افغانستان نيز بي سرنوشت مانده ،جز اين كه به صفوف افراد مسلح پيوسته ويا اينكه ازوطن مهاجر شوند، مشغوليت مناسب ديگري نداشتند .ومعلوم هم نبود كه جنگ چند سال دوام خواهدكرد. اگر محصلان وفارغان مكاتب دور ازتعليم وتحصيل مي ماندند خلاي فرهنگي برزگي ايجاد مي شد كه پر نمودن آن درآينده كار آسان نبود وعاقبت ناگواري درپي مي داشت بنابراین محترم پوهنمل عبدالمالك هموار استاد پيشين پوهنحُي ساينس درديپارتمنت كيميا ) بعداز مشوره با بعضي از شخصيت هاي علمي چون : محترم پوهنيار عنايت الله بليغ ، محترم مولوي عبدالرافع عليمي ، محترم محمدصادق صادقي ودیگران ، درخزان سال 1377 تاسيس يك پوهنتون را با محترم محمديونس قانوني كه درآن وقت به حيث مسول امور ولايات، ايفاي وظيفه مي نمود درميان گذاشت ، ايشان ازاين پيشنهاد استقبال زياد نموده وتشويق نمودند تا دراين رابطه براي پوهنتون يك تشكيل موقت ومحدود، ترتيب وجهت منظوري با احمدشاه مسعود كه درآن وقت معاونيت اول رياست جمهوري ووزارت دفاع را داشتند، تقديم شود. ايشان بعد ازحصول اطمينان ازموجوديت استادان، محل ولوازم درسي، تشكيل پوهنتون را در اوايل زمستان سال 1377 منظور کردند. ،بعداز آن مجلس موسسان پوهنتون در17 دلو 1377 درمنزل آمرصاحب شهيد، واقع جبل السراج داير، روي چند موضوع اساسی از قبيل محل مناسب ، نام، تعداد پوهنحُي ها و رئيس پوهنتون بحث وفيصله هاي ذيل به عمل آمد